حضور در افتتاحیه
فرمت جام باشگاه‌های آسیا از سال ۲۰۰۲ به لیگ قهرمان آسیا تغییر کرد و پرسپولیس در همان فصل ابتدایی این رقابت‌ها حضور داشت. سرخپوشان اولین فصل لیگ قهرمانان آسیا را با برد مقابل الطلبه عراق شروع کردند و با تک گل یحیی گل‌محمدی اولین بردشان در این رقابت‌ها را رقم زدند.
بازگشت مقتدرانه بعد از ۶ سال
پرسپولیس طی سال‌های ۲۰۰۴ تا ۲۰۰۸ در پنج دوره متوالی لیگ قهرمانان آسیا حضور نداشت و بعد از حدود ۶ سال در سال ۲۰۰۹ با برد مقتدارنه مقابل شارجه امارات به رقابت‌ها بازگشت. پرسپولیس با گل‌های کریمی، نیکبخت‌واحدی و نوروزی توانست نماینده امارات را با نتیجه ۳ بر یک شکست دهد.
تنها شکست پرسپولیس
سرخپوشان بعد از غیبت در لیگ قهرمانان سال ۲۰۱۰، لیگ قهرمانان آسیا سال ۲۰۱۱ را خوب شروع نکردند و برای اولین بار در بازی ابتدایی شکست خوردند. پرسپولیس در عربستان با نتیجه ۳ بر یک به الاتحاد باخت که زننده تک گل سرخپوشان تهرانی مازیار زارع بود.
توقف در جده
پرسپولیس که در سال ۲۰۱۲ برای اولین بار دو سال متوالی حضور در لیگ قهرمانان آسیا را تجربه می‌کرد، در اولین بازی مقابل الهلال عربستان در جده با نتیجه یک – یک متوقف شد. زننده تک گل پرسپولیس به نماینده عربستان علی کریمی بود.
میزبانی بی‌رحمانه
پرسپولیس سال‌های ۲۰۱۳ و ۲۰۱۴ در لیگ قهرمانان آسیا حضور نداشت، اما در سال ۲۰۱۵ این رقابت‌ها را با قدرت آغاز کرد و در ورزشگاه آزادی با سه گل بنگر، نوروزی و نوری توانست لخویا قطر را در هم بکوبد. این بهترین برد پرسپولیس در هفته ابتدایی تاریخ لیگ قهرمانان آسیا بود.
اولین حضور برانکو روی نیمکت
پرسپولیس که سال ۲۰۱۶ نتوانست به لیگ قهرمانان آسیا صعود کند، اما بعد از یک سال با برانکو به این رقابت‌ها برگشت تا سرمربی کروات سرخپوشان برای اولین بار در رقابت‌های آسیایی روی نیمکت این تیم بنشیند. حاصل اولین حضور برانکو روی نیمکت پرسپولیس تساویی یک – یک مقابل الاهلی عربستان بود. در این بازی محسن مسلمان تک گل سرخپوشان را به ثمر رساند.
اولین تقابل با ازبک‌ها 
پرسپولیس در لیگ قهرمانان سال ۲۰۱۸ برای اولین بار در اولین بازی مقابل نماینده ازبکستان قرار می‌گرفت و شاگردان برانکو توانستند در این بازی بهترین شروع سرخپوشان را تکرار کنند و با دو گل علی علیپور و تک گل منشا حریف را ۳ بر صفر شکست دهند.
هت‌تریک برانکو
پرسپولیس برای اولین بار سه دوره حضور در لیگ قهرمانان آسیا را تجربه می‌کند که این رکورد حاصل زحمات سرمربی کروات سرخپوشان است و حالا برانکو مقابل نسف قرشی هت‌تریک حضور در رقابت‌های آسیایی را ثبت می‌کند که صرف نظر از هر نتیجه‌ای یک افتخار برای پرسپولیس به حساب می‌آید.