رهبر معظم انقلاب در دیدارهایی که در مقاطع مختلف با رؤسا، مدیران و پژوهشگران جهاد دانشگاهی داشته‌اند، این نهاد را با عباراتی از جمله “مولود مبارک انقلاب اسلامی”، “جزو معدود رویش‌های اصلی انقلاب”، “مظهر علمِ جهادی و جهادِ علمی”، “از جاهائی که برای آینده علمی کشور به آن امید داریم” و “(نهادی که) در مقابل موانع و مزاحمت‌ها از حرکت نمی‌ایستد”، توصیف فرموده‌اند.