سردار شوشتری بعد از جنگ در سمت‌های مختلفی بودند و از اول فروردین ۸۸ نیز با حفظ سمت، فرماندهی قرارگاه قدس زاهدان را عهده‌دار شد. سردار شوشتری با درایتی که داشت متوجه شده بود که دشمن وحدت مردم شیعه و اهل سنت منطقه را هدف گرفته است و به همین خاطر او هم تاکید اصلی بر تقویت وحدت و اخوت دینی داشت.