محسن وزوایی در سال ۱۳۵۸ همزمان با کار تبلیغاتی در جمع دانشجویان پیرو خط امام، بلافاصله با تشکیل سپاه پاسداران، به این ارگان نظامی پیوست و در دوره‌ای فشرده، آموزش‌های چریکی را در سپاه آموخت. او مدتی در سپاه به عنوان فرمانده مخابرات انجام وظیفه کرد، سپس سرپرستی واحد اطلاعات عملیات را به عهده گرفت.